福建农业职业技术学院有现代农业工程学院、动物科技学院、园艺园林学院、经济管理学院、信息工程学院、现代农业培训学院、软件学院通信学院、相思岭乡村旅游产业学院、互联网金融学院、国际学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校比较新公布为准。

现代农业工程学院

动物科技学院

园艺园林学院

经济管理学院

信息工程学院

现代农业培训学院

软件学院通信学院

相思岭乡村旅游产业学院

互联网金融学院

国际学院

马克思主义学院

通识教育学院

福建农业职业技术学院是福建省教育厅直属的省内唯一的农类全日制综合性高等职业院校。

学院于2003年2月经福建省人民政府批准，由福州市农业学校和福建省农业学校合并设立；前身可追溯至创办于1902年的中国近代官办中等实业学堂——福建农桑总局蚕务学堂、创办于1903年的私立培元师范学校、创办于1908年的福州农事试验场农业别科班。学院秉承百年优良办学传统，在“厚德强技，学以致用”的校训和“艰苦奋斗，自强不息，敬业奉献，和谐发展”的农院精神指引勉励下，现已发展成为以“农类”专业为优势和特色，财经、电子、建筑等专业协调发展的综合性高等职业院校。